De acordo com o site TMZ, Tom Cruise  admitiu que a Cientologia foi um dos motivos que provocou o divórcio de Katie Holmes, em junho de 2012 . As declarações foram feitas na audiência do processo que ele move contra as revistas norte-americanas "In Touch" e "Life & Style", que publicaram que o astro teria abandonado sua filha, Suri.

O advogado que representa as publicações teria questionado os motivos que fizeram Katie a pedir a separação. Entre as perguntas, o advogado quis saber se era verdade que o casamento terminou porque a atriz queria "proteger Suri da Cientologia". "Ela me disse que isso era um dos motivos sim", respondeu Tom Cruise.

Ainda na audiência, ele explicou que não abandonou a filha, mas admitiu que às vezes fica dias sem vê-la por estar trabalhando em outros países, mas que nunca deixou de ligar e saber notícias da menina. Os advogados da revista mostraram provas de que Suri estaria "muito triste e chorando bastante" pela ausência do pai. Ainda não foi divulgado se as partes envolvidas entraram em um acordo.